La ligne Tōkaidō du Shinkansen a commencé à être construite en 1959 dans le but d’inaugurer le train le plus rapide de l’époque, juste avant les Jeux olympiques de Tokyo de 1964.

Dans Shinkansen Zero-Kei, les joueurs prennent le rôle de ses constructeurs. Ils s'occuperons de la construction de cette ligne ferroviaire historique ainsi que de toutes les stations correspondantes.

A chaque tour de jeu, vous devez construire votre propre train à grande vitesse. Chaque carte wagon que vous ajoutez à votre train vous apporte une action ou une capacité. Ces actions permettent principalement de construire des voies et des gares, de collaborer à la préparation des sites olympiques et d’obtenir de nouvelles cartes wagon. Les cartes sont aussi associées aux villes traversées par la ligne. Tentez de les construire dans le bon ordre afin d'avoir les points de victoire.

Le joueur le plus efficace dans sa mission, sera déclaré vainqueur.